Pablo Serrano donó al pueblo aragonés gran parte de su legado escultórico. El 29 de julio de 1985 se firma el Acta de creación de la Fundación-Museo Pablo Serrano, cumpliendo así el deseo del escultor de que Zaragoza contase con un museo que albergase su obra. Pablo Serrano decía que la creación de un museo debe revestir dos finalidades importantes:

…acercar las obras de arte al pueblo y alentar la creación artística. Para ello el museo debe […] no solo atraer al público habitual, sino que también al que no concurre. No basta “mostrar y exhibir” sino lograr la participación.

A partir de ese momento, y superando la muerte del propio escultor en noviembre de ese mismo año 1985, la fundación comienza a trabajar para materializar los deseos de Serrano. El museo abrió sus puertas el 27 de mayo de 1994. Este legado, conformado por esculturas representativas de toda la producción de Serrano, incluyó también su archivo y biblioteca personal, relacionados con su obra.

El esfuerzo económico que supuso para la Fundación la rehabilitación y construcción de los antiguos talleres del Pignatelli como sede de esta y del Museo Pablo Serrano, la abocó a una situación de quiebra económica. Por esta razón, el Patronato acordó disolver y liquidar la Fundación-Museo Pablo Serrano un año después de inaugurar su sede. En el BOA nº 87 de 19 de julio de 1995 se publicó el Decreto 164/1995, de 5 de julio, de la Diputación General de Aragón, por el que se acepta a título gratuito, los bienes, derechos y obligaciones resultantes de la liquidación de la extinguida Fundación-Museo Pablo Serrano. La disolución vino amparada en el artículo 31 de los Estatutos de la Fundación, en el que se establecía que:

Si una vez constituida definitivamente la Fundación, por cualquier causa o razón no pudiera seguir funcionando de conformidad con cuanto ha sido establecido en los artículos anteriores – y dentro del espíritu, fines y dignidad previstos por el Fundador, el Patronato, así como los Organismos y Entidades implicados, declararán extinguida y disuelta la Fundación y la obra y demás bienes entregados por don Pablo Serrano pasarán a ser propiedad del Museo de Arte Contemporáneo de Aragón.

En este artículo nº 31 se establecía que la obra pasaría a ser propiedad del Museo de Arte Contemporáneo, que había sido creado dos años antes, por Decreto 26/1993, de 6 de abril, de la Diputación General de Aragón, si bien no contaba aún con una sede.

Paralelamente a la disolución de la Fundación y aceptación por parte de la Diputación General de Aragón de los bienes, derechos y obligaciones de esta, mediante el Decreto 218/1995, de 5 de julio, la Diputación General de Aragón creaba el Instituto Aragonés del Arte y la Cultura Contemporáneos Pablo Serrano.

La sede de la nueva institución se fijó en el edificio que albergaba la disuelta Fundación Museo Pablo Serrano, mientras que se estableció que las colecciones del IAACC Pablo Serrano serían aquellas que formaron parte de la extinta Fundación y, como heredero del Museo de Arte Contemporáneo de Aragón, de la colección de arte contemporáneo de la Diputación General de Aragón y todas aquellas obras de arte contemporáneo que a partir de ese momento se adquiriesen. El IAACC Pablo Serrano es un museo público, de titularidad y gestión de la Comunidad Autónoma de Aragón.

Tras la profunda reforma acometida entre los años 2008 y 2011 el museo ha aumentado no solo su espacio expositivo, sino también los espacios dedicados a actividades culturales y de promoción del arte contemporáneo.

En el año 2020 se inauguró un espacio en la planta 03 dedicado de manera permanente a la colección Circa XX, donde van rotando exposiciones temporales con fondos de esta colección, y también se creó el espacio «Vuestra Obra», un espacio abierto a la participación en el que se muestra periódicamente una obra de nuestras áreas de reserva.

Asimismo, en el año 2021 se inauguró en las plantas 03 y 04 del IAACC Pablo Serrano la exposición Aragón y las Artes 1939 – 1957. Esta muestra forma parte de un gran proyecto que se va a desarrollar durante varios años, con el objetivo de conformar la exposición permanente del IAACC Pablo Serrano sobre arte contemporáneo en Aragón. El resultado final se habrá ido presentando en tres fases, con estudios detallados de cada uno de los períodos tratados: 1939-1957 / 1957-1975 / 1975-finales siglo XX.

Por último, en 2022 se ha inaugurado el espacio en el vestíbulo «Papeles. Fondo documental del IAACC Pablo Serrano» para poner en valor los diferentes documentos, revistas, archivos, cartas… que custodia el museo, y en 2024 se ha dedicado un espacio en la planta 04 a la arquitectura del edificio, obra de José Manuel Pérez Latorre.